El Directorio, según lo establece la Ley 12.653, está conformado por siete miembros, encabezados por un presidente y un vicepresidente. El presidente y tres directores son designados por el Poder Ejecutivo provincial, y uno de ellos ocupa la vice presidencia. Los otros tres directores son promovidos por los municipios que integran la cuenca y sus mandatos duran tres años con posibilidad de renovarse.